Gærgenetik og reparation af DNA skader 

Ud over at være centerleder for CMB forsker Uffe Mortensen i genreparationer og mekanismerne bag genetisk ustabilitet. Typisk bruger han mikroorgansimer som modelsystemer til at forstå disse komplekse processer med henblik på at kunne udvikle stabile produktionsstammer og til at forstå de molekylære mekanismer, der leder til cancer. Et andet mål i hans forskning er at   finde metoder til at manipulere genomer. I mikroorganismer kan dette udnyttes til at skræddersy en organisme til effektivit at lave et interessant produkt, fx en metabolit, der normalt bliver produceret i en plante, eller til at lave definerede mutant biblioteker i en given stamme med henblik på en komplet genetisk kortlægning af en given proces. I fremtiden vil videreudvikling af sådanne metoder kunne bruges medicinsk som genterapi.